磁性测厚仪和涡流测厚仪属于接触式测厚仪，是常见的测量涂层厚度的方法，但是也存在一些局限性，主要包括以下几个方面：

测量误差：接触性测厚方法在测量过程中需要将探头压在被测物体表面，这可能会对被测物体表面涂层造成损伤或划痕，同时也容易受到测量时的压力、角度的影响，从而影响测量结果。

适用范围：接触性测厚方法适用于被测部位为平面，底材的磁性比较一致的情况。如果被测部位是曲面或者在边缘，或者不同批次的产品底材磁性变化较大，会对读数影响很大。

测量速度：接触性测厚方法需要将探针或探头逐个移动到被测物体的不同位置，进行点对点的测量。这种方式测量速度较慢，可能影响工作效率。市场上有3D整体膜厚成像的仪器，可以一次测出几万个点的膜厚。

使用限制：接触性测厚方法的探头容易被磨损，增加了使用限制和成本。

总之，接触性测厚方法在测量涂层厚度时存在一些局限性，如测量误差、适用范围、测量速度和使用限制等。因此，在选择涂层厚度测量方法时，需要根据实际需求选择合适的测量方法，如ATO测量法、磁性涡流测量法、超声波测量法等。